1．信息系统开发的复杂性
2．信息系统运行的复杂性 一个涉及企业全局的信息系统要做到良好的运行，需要特别解决好以下四个问题。
一是要解决基础数据的问题。由于一个信息系统所处理的对象主要是数据，因此，数据的质量问题是十分重要的。软件工程中有一句话：“输入的是垃圾，输出的肯定也是垃圾”。这就是说，信息系统不可能“化腐朽为神奇”、不可能把垃圾数据处理成有用的数据。而一些信息系统的需求单位，恰恰是基础数据不全、不准或不一致。所谓数据不全是指只有部分信息系统所需要的数据，例如，一个企业有10个下属单位，只有6个下属单位有数据，其他则没有，这样一来，该系统的运行效果就必然大打折扣。所谓数据不准，就是指一些基础数据有差错，由此，必然影响系统的可靠性。所谓数据不一致，是指同一项数据在不同的地方取不同的值。
二是领导介入的问题。企业的信息系统绝不仅仅是一个软件的使用，它不仅要涉及企业的组织流程和企业的机构调整，而且涉及因信息系统的运行而使企业发生许多新的变化，这些都决定了信息系统不是一个技术的问题。同时，许多问题和障碍也不是仅靠技术人员就能解决的。信息系统的运行需要企业最高领导层的介入，而在一些企业的管理层里，对此却缺乏足够的认识。在一些企业里，最高管理层把信息系统的建设和运行交给信息技术部门就算万事大吉，持有这样做法的企业，其信息系统的良好运行必将成为问题。
三是最终用户问题。企业信息系统的最终用户，也就是信息系统的使用者往往是那些企业管理机构的业务人员。信息系统运行的难题是要让这些业务人员接受信息系统，首先，需要改变他们长时间形成的一些工作习惯，这往往是比较困难的。再者，这些业务人员需要熟悉并掌握信息系统的一些技术和工作方法，这也是一个比较复杂的过程。
四是系统分析师的问题。由于信息系统是复杂的人一机工程，因而最需要的人才是既懂经营管理又懂计算机技术的专家型的人才，也就是系统分析师。而很多企业在建设和运行信息系统时，恰恰缺少的就是系统分析师。
3．信息系统维护改造的复杂性