在大量的工程实践中，由于合同双方现实环境和相关条件的变化，往往会出现合同变更，而这些变更必须根据合同的相关条款进行适当地处理。如果某一方不理解合同条款，或不严格执行合同条款，那么该方会付出额外的代价以完成额外的工作任务。
    合同变更的处理由合同变更控制系统来完成。合同变更控制系统包括文书记录工作、跟踪系统、争议解决程序以及各种变更所需的审批层次。合同变更控制系统是项目整体变更控制系统的一部分。任何合同的变更都是以一定的法律事实为依据来改变合同内容的法律行为。
    有多种因素会导致合同变更，例如范围变更、成本变更、进度变更、质量要求的变更甚至人员变更都可能会引起合同的变更，乃至重新修订。
    对于任何变更的评估都应该有变更影响分析。例如，变更将如何影响所采购产品及服务的范围、进度、质量等，这些影响会不会传递到项目的其他部分？
    变更申请、变更评估和变更执行等必须以书面形式呈现。
    合同变更在某种意义上，还应该包括合同的转让和锯除，这要视合同实际执行情况而定。这两种变更需要合同双方当事人协商一致，才可以协议执行。如有重大争议，可以通过法律或仲裁手段解决。
    按照合同签约各方的约定，合同变更控制系统的一般处理程序如下：
    (1)变更的提出。合同签约各方都可以向监理单位（或变更控制委员会）提出书面的合同变更请求。
    (2)变更请求的审查。合同签约各方提出的合同变更要求和建议，必须首先交由监理单位（或变更控制委员会）审查后，提出合间变更请求的审查意见，并报业主。
    (3)变更的批准。监理单位（或变更控制委员会）批准或拒绝变更。
    (4)变更的实施。在组织业主与承包人就合同变更及其他有关问题协商达成“致意见后，由监理单位（或变更控制委员会）正式下达合同变更指令，承包人组织实施。
    “公平合理”是合同变更的处理原则，变更合同价款按下列方法进行。
    (1)首先确定合同变更量清单，然后确定变更份款。
    (2)合同中已有适用于项目变更的价格，按合同已有的价格变更合同价款。
    (3)合同中只有类似于项目变更的价格，可以参照类似价格变更合同价款。
    (4)合同中没有适用或类似项目变更的价格，由承包人提出适当的变更价格，经监理工程师和业主确认后执行。